Seit 1961 sind die Sammlungen des Naturkundemuseums im Herzogspalais am Herzogspark untergebracht. Schwerpunkt der neugestalteten Museumsausstellung ist der Lebensraum Ostbayern, sein erdgeschichtliches Werden, die charakteristischen Formen seiner belebten Natur und deren gegenseitige Vernetzung. Neben den geologischen, paläontologischen und biologischen Abteilungen zeigt das Museum ein nachempfundenes Naturalienkabinett und zahlreiche Wechselausstellungen.
